Книга покупок и Книга продаж

Если вкратце, то:
1) Желательно обновиться до последнего релиза. В учете НДС очень много поменялось, особенно в последние месяцы.
2) Записи в Книге Продаж регистрируются непосредственно документами, отражающими продажи ("Реализация товаров и услуг"). Потому никаких проблем с формированием этого отчета быть не должно.
3) Записи в Книге Покупок могут отражаться либо непосредственно документом "Счет-фактура полученный" (при установке одноименного флажка) либо документом "Формирование записей книги покупок", оформляемым в конце месяца или в конце квартала.

Никаких премудростей там нет.

Проверьте еще, не установлена ли дата актуальности учета (Сервис - Управление датой актуальности учета). Если установлена, уберите ее и перепроведите документы, начиная с той даты.
Просто если она установлена, то документы проводятся по упрощенной схеме и, соответственно, могут не делать записей по формированию книг покупок и продаж.